Theo Quyết định số 269/QĐ-TLĐ ngày 07 tháng 3 năm 2014 của Đoàn Chủ tịch Tổng Liên đoàn, Các đơn vị kế toán công đoàn được mở tài khoản tiền gửi tại Ngân hàng hoặc Kho bạc Nhà nước để quản lý thu, chi tài chính công đoàn. Đối với các đơn vị có số thu, chi tài chính không lớn có thể sử dụng tài khoản của chuyên môn để quản lý thu, chi tài chính công đoàn.

Công đoàn cơ sở được sử dụng 66% (Từ năm 2016, mỗi năm tăng 1% để đạt mức 75%). Số thu kinh phí công đoàn, 60% số thu đoàn phí công đoàn, 100% số thu khác của đơn vị.

Phân bổ nguồn thu kinh phí, đoàn phí công đoàn, công đoàn cơ sở được sử dụng cho các khoản, mục chi: Chi lương, phụ cấp cán bộ công đoàn chuyên trách và phụ cấp cán bộ công đoàn không quá 30%. Nếu chi không hết thì được chuyển sang chi cho các hoạt động khác. Trong trường hợp thiếu, công đoàn cơ sở phải xem xét giảm đối tượng, mức chi phụ cấp cỏn bộ công đoàn cho phù hợp với nguồn tài chính được phân bổ. Trường hợp BCH CĐCS không chi các khoản phụ cấp này cho cán bộ CĐCS là không đúng quy định của Tổng Liên đoàn.